こんにちは、こあざらし(@ko_azarashi)です。
質問に対する回答記事をUPします。

[質問]特定健診と同日の保険診療レセプト診療実日数の数え方は?
保険者から診療実日数を1日と入力するように返戻がありました。
医療機関で患者が特定健診を受けており、初・再診料の算定を行っていません。システム上、実日数はレセプトに記載されていない形になります。(0日という表記)
そのためレセプトには「特定健診のため初・再診料の算定なし」と入力しています。
特定健診とは別に胸部単純撮影や糖尿検査のHbA1cの検査を行い、検査に対して病名とコメントを入力しているのですが、実日数は絶対に入力をしないといけないのでしょうか?
こあざらしの回答

使われているレセコンの種類にもよると思うのですが、私が使ったことあるレセコンの仕組みで考えると、会計をする人がシーンによってコードの打ち分けをするようになっていました。

今回のように特定健診を受けている場合の考え方ですが。特定健診を受けて、追加で検査(保険分)もされているようですが、もし診察を伴っているのであれば、同日の基本料については特定健診に含まれているので算定なしという形での処理になります。
ただし、総合病院など複数科受診される患者もいますので複数科受診の場合は再診料算定ができる(2科目)と思います。

再診料を算定する場合でも、特定健診のコメントは必要です。
特定健診と別日に受診があった場合の取扱い

次の受診が検診結果に基づく受診であれば再診の取扱いとなります。この場合、再診料の算定日には、「特定健診にて初診料算定済み」等と記載した上で請求を行います。もしも健診に基づかないものであれば初診料の算定が可能と解します。
特定健診と同日に保険診療の受診があった場合の診療実日数

なので、再診料の点数はないものの診療実日数は1日とカウントされる点数コードを入力し、レセ表示の調整を行うようになっているかと思います。このコードで入力していないと当然0日としてレセコンで処理されてしまいます。
ではもしも今回受診を伴わず検査だけだったんだということであれば、「検査のみ来院」として摘要記載し請求を行なっていれば診療実日数が0日であっても返戻にはならなかったと思います。ですが、この処理は当院が再診時の患者に限るものです。初診がないのにいきなり検査のみ保険請求は認められないと思います。
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